Mönkeberg wird im Jahre 1284 als "Monekenberch" erstmals urkundlich erwähnt. Der Name verweist vermutlich auf eine Ansiedlung von Mönchen auf dem Stangenberg. Zunächst in Adelsbesitz wurde Mönkeberg Ende des 15. Jahrhunderts (1494) an den Landesherrn Herzog Friedrich I verkauft, der die Verwaltung dem Amt Kiel übertrug. Die Bewohner waren zwar persönlich frei, hatten aber für das Kieler Schloß Dienste und Abgaben zu leisten. Nach der Neugliederung Schleswig-Holsteins 1867 als preußische Provinz wurde aus der bäuerlichen Ansiedlung die Gemeinde Mönkeberg. Über Jahrhunderte war Mönkeberg ein kleines Bauerndörfchen, das noch Ende des 19. Jahrhunderts weniger als 200 Einwohner zählte.

Erst die Ernennung Kiels zum Reichskriegshafen und der darauf folgende Ausbau der Werftindustrien ließen Kiel explosionsartig wachsen und veränderten auch das Gesicht der Umlandgemeinden wie Mönkeberg. Um den bäuerlichen Ortskern im Oberdorf entstanden Wohngebiete für die Beschäftigten der umliegenden Werftbetriebe. Am Hang zur Förde hin, im Unterdorf, wuchs eine Gartenstadt/Landhauskolonie für das gehobene Bürgertum Kiels.

Nach 1933 begann die Marine in dem am Fördeufer gelegenen ÖIberggelände eine unterirdische Lagerstätte mit zehn Öltanks für die Treibstoffversorgung ihrer Kriegsschiffe zu bauen. Am Strand entstanden eine Kaianlage und eine Anlegerbrücke, an der die Schiffe über eine Pipeline be- und entladen werden konnten. Diese Anlagen waren das Hauptziel der Bombenangriffe im Zweiten Weltkrieg, die Mönkeberg fast völlig zerstörten.

In den Nachkriegsplänen wurde Mönkeberg von Anfang an als Wohngemeinde konzipiert. Von den Bauernstellen ist nur noch eine im Nebenerwerb geblieben, der weitaus größteTeil der berufstätigen Bevölkerung pendelt nach Kiel oder ins Umland. Mönkeberg ist heute ein beliebter Wohnort und seine Einwohnerzahl stieg von 1939 bis 2010 um mehr als das Dreifache auf etwa 3800.

Das Dorfleben wird geprägt durch den Sportverein, die Gilden und die politischen Parteien. Der SV Mönkeberg von 1910 schaut auf eine hundertjährige Tradition zurück und ist insbesondere durch seine erfolgreiche Handballmannsparte überregional bekannt geworden www.sv-moenkeberg.de. Im Ort gibt es zwei Gilden: die 1809 gegründete Mönkeberger Knochenbruchgilde und die 1903 gegründete Bürgergilde. Auch wenn der ursprüngliche Gedanke der gegenseitigen Nachbarschaftshilfe im Todes- oder Krankheitsfall heute in den Hintergrund getreten ist, so spielen sie für die Bewahrung der örtlichen Traditionen noch immer eine bedeutende Rolle.

Prägend für die Ortssilhouette Mönkebergs waren über mehr als hundert Jahre mehrere kleinere und eine große Bake. Baken sind Seezeichen, die in der Schiffsnavigation eine wichtige Rolle spielten, denn mit ihrer Hilfe konnten Ungenauigkeiten des Magnetkompasses kompensiert, d.h. ausgeglichen werden. Die große Zentralbake auf dem Stangenberg ist bis heute das Wahrzeichen der Gemeinde und nur sie ist bis heute erhalten.